Родился 15 февраля 1962 года в Эстонии.

Руководитель Городского театра Таллинна. Известен масштабными постановками классики: «Ромео и Джульетта», «Гамлет» У. Шекспира, «Три мушкетера» и «Мушкетеры двадцать лет спустя» по А. Дюма, «Пианола, или Механическое пианино» А. Чехова, «Преступление и наказание» Ф. Достоевского.

Снимается в кино. Среди последних работ — роли
в кинофильмах «Только воскресенье», «Серый свет ноября», «Любовь к трем апельсинам», «Мандарины». Кроме того, Нюганен снял по собственному сценарию один из самых популярных в Эстонии фильмов «Имена на мраморной доске». Другая его лента — «1944» выдвигалась на премию «Оскар» в номинации «Лучший фильм на иностранном языке», а также получила две премии на российском фестивале «Киношок».

В БДТ им. Товстоногова поставил «Аркадию» Т. Стоппарда
и «Томление» (пьеса У. Бойда по мотивам рассказов Чехова). Играет в спектакле «451 по Фаренгейту» московского театра «Et cetera».

В «Ленкоме» поставил комедию «Tout paye, или Все оплачено» И. Жамиака.

Лауреат Государственной премии России.